1870-йилда Тошкент ҳарбий раҳбарияти обсерватория қуриш ҳақида қарор қабул қилди. 1872-йилда шаҳар ташқарисида мос жой топилди — Акқўрғон ҳудуди. У ер эгаларидан сотиб олинди ва тез орада телескоп бинолари қурилиши бошланди. 1873-йилда рефрактор ишга тушди — бу йил обсерватория ташкил этилган йил ҳисобланади. 

Ўша пайтда астрономия хизматининг асосий вазифаси ҳарбийларни аҳоли пунктлари координаталари билан аниқ харита билан таъминлаш эди. Тошкентнинг муссаффо осмони илмий мақсадларда самовий жисмларни сифатли кузатиш имконини ҳам берарди. 

1895-йилда меъмор В. С. Гейнцельман телескопнинг чиройли биносини қурди, у ҳозиргача сақланиб қолган. Обсерватория ўрнида янги парк яратиш режаларида бу тарихий иншоотни реконструкция қилиш кўзда тутилган. 

1880-йилларда обсерватория аниқ вақт манбаи сифатида Тошкент қалъаси билан телефон сими орқали боғланган эди. Ҳар куни роппа-роса пешинда тўп овози эшитилиб, тошкентликлар шу бўйича вақтларини текширардилар. 

Аниқ вақтни аниқлаш ва сақлаш механизмлари ер остида чуқур жойлашган бўлиб, уруш йилларида фойдали бўлди — Совет Иттифоқининг барча обсерваториялари немислар томонидан босиб олинган ҳудудда қолган эди. Аниқ вақт сигналлари ҳарбийлар, олимлар ва саноат ҳаракатларини мувофиқлаштириш учун зарур эди. 

1966-йилда Тошкент обсерваторияси Ўзбекистон Фанлар академиясининг Астрономия институтига айлантирилди. 

Акқўрғон канали оқиб ўтадиган Астрономия институти ҳудуди ҳали ҳам чиройли ва манзарали. Ҳозирда бу ерда гулзор парк ташкил этилмоқда.